A UNAFE foi criada no dia 5 de junho de 2006, a partir dos movimentos reivindicatórios de 2003 e 2006, que demonstraram como a falta de unidade e coordenação enfraqueciam a Advocacia Pública Federal.
Fizeram parte do momento inicial da criação da UNAFE Procuradores Federais e Advogados da União insatisfeitos com a representação dividida e pouco transparente das suas associações e que, buscando assegurar a transparência e a independência da entidade, fizeram constar no estatuto da UNAFE a limitação de reeleição para a diretoria e vedaram a acumulação de cargos de diretores e delegados da entidade com qualquer cargo em comissão na AGU.
Participaram ainda Procuradores da Fazenda Nacional contrários à subordinação administrativa da PGFN ao Ministério da Fazenda, almejando a instituição de uma Advocacia Pública independente. Muitos desses Advogados e Procuradores são lideranças que participaram intensamente dos movimentos de 2003, 2006 e 2008.
Para alcançar seus objetivos e oferecer os melhores serviços na defesa dos interesses dos seus associados, a UNAFE instituiu uma gestão profissional, com a contratação de pessoal especializado nas áreas de administração, comunicação e assessorias jurídica e parlamentar.
